Dr. E.F. Ricketts, biólogo marino, proporcionó la primera descripción escrita del arrecife de Cabo Pulmo. En la primavera de 1940, Ricketts y John Steinbeck, su vecino de Pacific Grove, Ca., navegaron un barco hacia el Golfo de California para recolectar y documentar la vida marina de esas costas. Sin contar con equipo de buceo, Ricketts describió Cabo Pulmo como un arrecife de coral rico en cantidad y diversidad de asombrosos organismos marinos. Las crónicas de Steinbeck de su famosa expedición llamada The Log from the Sea of Cortez fue publicado en 1951 y todavía está disponible. Es una buena lectura para cualquier persona interesada en la aventura, la historia natural y una buena historia.
En 1959, Donald Squires, un científico del Museo Americano de Historia Natural, produjo una detallada carta de navegación de los arrecifes adaptada de una carta hidrográfica de los Estados Unidos de 1664. Squires también esbozó el diseño de los arrecifes según la descripción de Jesús Castro Fiol (ver: Sobre esta película), señalando los lugares que albergaban la mayor concentración de corales pétreos de Cabo Pulmo. Squires también incluyó una observación significativa de Castro Fiol: En el auge de la época perlera se podían observar de 100 a 200 embarcaciones surcando las costas de Cabo Pulmo. Evidentemente, los recursos marinos de Cabo Pulmo estaban disminuyendo en la década de 1930 así como los criaderos de ostras perleras se agotaron para 1938.
A principios de la década de 1980, los científicos comenzaron a estudiar los corales y otros invertebrados en los arrecifes de Cabo Pulmo. Renombrados investigadores como Richard Brusca, Oscar Arizpe, Héctor Bonilla, Gabriela Anaya y Antonio Villarreal Cavados, fueron determinantes en iniciar los esfuerzos para proteger este inmenso recurso natural.
Alentada y apoyada por los científicos de la Universidad Autónoma de Baja California Sur (UABCS), la comunidad de Cabo Pulmo, incluyendo muchos de los descendientes de Jesús Castro, solicitó al Gobierno de México establecer una reserva marina para preservar este precioso arrecife. El mundialmente reconocido ecologista Dr. Exequiel Ezcurra, que trabajaba para el Gobierno de México, supo sobre la iniciativa de Cabo Pulmo y defendió exitosamente la petición. El 6 de junio de 1995, la zona fue declarada Área Natural Protegida como Parque Nacional Marino por el Presidente de México, Ernesto Zedillo. Hoy en día, el Parque Nacional Cabo Pulmo abarca unas 27 millas cuadradas (7,111 hectáreas) de océano y playas.
Por 10 años, los arrecifes de Cabo Pulmo estuvieron protegido sólo por la comunidad y las comunidades aledañas, pero para el 2005 la protección se fortaleció con la presencia de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP), que es el organismo mexicano encargado de regular las actividades dentro dentro del Parque Nacional.
Apoyados por la CONANP y organizaciones ceviles, la comunidad de Cabo Pulmo continua apoyando diversas iniciativas de conservación. Además, los residentes fundaron su propia organización de conservación sin fines de lucro que ahora forma parte de una extraordinaria coalición de organizaciones no gubernamentales a nivel internacional, nacional y regional, ciudadanos, académicos, investigadores y miembros de Cabo Pulmo y comunidades vecinas, que trabajan juntos para promover la protección del patrimonio natural y cultural de Cabo Pulmo y la zona de Cabo del Este.